是由美杀的。
日本家庭里夫妻有了小孩以后就互称对方为爸爸、妈妈。字条里，“由美”后面是问号，所以话不是对由美说的。题干里的由美不知道凶手是谁，说明”这个“由美不知道自己杀人了，由美妈妈看到女儿的状态不对，说明凶手是由美的第二个人格，主人格不知道第二人格的存在。由美妈妈就觉得女儿失去理智了，觉得杀她的那个人不太像是由美，但外表的确是女儿，因此才使用了”？“
在由美的房间里，说明凶案发生现场有可能是在这里，可能是和凶手挣扎的时候把纸条撕碎了，但是人格分裂的凶手由美没有把字条岁毁掉。爸爸知道女儿做了这样的事情，为了不让她绝望才自己承担起这个罪行。